Так она без проблем и форматируется в Windows. Вот только часто после форматирования в Windows ее видит только Windows, а Фанук уже не видит.
Дело в том что карта CF это по сути видоизмененный жесткий диск АТА. Ее даже можно воткнуть в IDE разъем. Цоколевка подходит несмотря на то что контактов меньше чем в IDE. И Фанук когда разрабатывали, затачивали его работу именно с жестким диском, который потом заменили на CF.
Так что CF должна в фануке работать не как флэшка, а как жесткий диск. Однако Windows часто распознает CF именно как флэшку и форматирует ее как флэшку, а не как жесткий