Нормальные - удаляет. В Вашем случае просто отверстие импортировано, поэтому оно задано в стандарте стороннего CAD, в виде двух половин. В стандарте NX отверстие делается одной цилиндрической поверхностью. Надо сначала преобразовать, например командой синхронного моделирования "оптимизировать грань". Для данного примера избыточно это.
Автоматизировать? В какой то степени можно. Тут надо конкретно по примерам смотреть.
В Вашем примере с разъемом, пины прекрасно удаляются выбором рамочкой. Это тоже, своего рода, автоматизация.