Имена файлов разные? Имена файлов, даже находящихся в разных папках, должны быть разные. Программа не отслеживает пути, а сравнивает исключительно имена файлов и при наличии модели с тем же именем открывает/вставляет туже модель, что уже открыта.
Можно сохранить одну сборку платы как деталь под одним именем, а второую как деталь под другим именем, а потом вставлять в сборку блока.
Попробуйте закрыть все документы в программе и начать с открытия второй платы. Если всё прошло нормально, то вы действительно использовали одинаковые имена для плат.