Охренеть, ни за что бы не догадался. Хоть бы словом где обмолвились об этом в документации.
Короче нужна команда EMODIF, E_ID, 3, N_ID
где E_ID - номер элемента, который мы собираемся модифицировать.
Так как используется BEAM188, то у него не два узла оказывается рассматривается, а три, где первые два принадлежат элементу, а третий узел - направляющий. И соответственно число 3 - это номер узла балки, который мы собираемся модифицировать, то есть направляющий узел. И мы этот узел соответственно заменяем на узел с номером N_ID. И тогда сечение реально вращается.
Разобрался по