Посмотрите внимательнее в каталог %TC_ROOT%\install при возникновении ошибок там создается еще файлик (имени не вспомню, но оно мнемотично) с указанием шага, на котором возникло прерывание при обновлении.
TEM смотрит в этот файлик при запуске и предлагает выполнять действия с этого шага.
Можете удалить этот файл и тогда TEM запустится в обычном режиме.
Лучше всего конечно выяснить причину возникновения "Unprocessed schema and/or non-schema updater transactions exist" и устранить ее. Посмотрите в %TC_ROOT%\log\update_runner.log в нем найдете запись с ошибкой "Unprocessed