Можно не зашивать изначальный stl, а сразу сделать auto skin - получим поверхность, у которой уже потом через Design > Fill или Repair > Missing faces можно закрыть отверстия и получить солид.
Ваш stl был довольно грубым, поэтому удалил caps (зашитые отверстия) и сделал Facets > Smooth, Smooth type = Add Facets, чтобы сгладить неровности. Некоторые артефакты удалил вручную и зашил. Потом уже Auto skin, как описано выше.