Конечно, вопрос надо исследовать подробнее.
Я бы пока был за суффиксы. Тогда имя файла включает имя из базового проекта и суффикс, включающий, для простоты, очередной номер проекта.
Если файл не менялся, то из первой части всегда видно какой это файл был в базовом проекте. И его можно легко заменить на базовый без разрыва сопряжений.
Но программно все эти сравнения и замены было бы удобнее делать.
Вопросы ТС, скорее не к Солиду, а к организации коллективной работы над проектами.
Если конструкции в проектах идентичны, то можно рассмотреть и вариант с конфигурация