Зависит от среды, конечно. В одних CAD скрытые от глаз объекты (находящиеся позади других) легко выделяются, в других - заманаешься, потому что нужно, чтобы хоть часть детали оказалась непосредственно в фокусе курсора.
Так вот Компас относится ко вторым. С выделением там туго. Поэтому дерево надёжнее.
Вообще выделять в дереве всегда надёжнее. Особенно, когда размеры компонентов сильно отличаются. Корпус ты выделишь, а вот болты... не рамкой же выделять. Так можно и лишнее зацепить, возни только прибавится.
Ты это поймёшь, когда достаточно "крупную" сборку сделаешь. Деталей хотя