Имена файлов разные? Имена файлов, даже находящихся в разных папках, должны быть разные. Программа не отслеживает пути, а сравнивает исключительно имена файлов и при наличии модели с тем же именем открывает/вставляет туже модель, что уже открыта.
Можно сохранить одну сборку платы как деталь под одним именем, а второую как деталь под другим именем, а потом вставлять в сборку блока.
Попробуйте закрыть все документы в программе и начать с открытия второй платы. Если всё прошло нормально, то вы действительно использовали одинаковые имена для плат.
октябрь 2014.
Залил в доступ https://drive.google.com/drive/folders/1sS1PBKzu80vcSZ7Xk2BEzR9c0_y-9pD_
\N523_сломан\#523.zip
там 3 файла CNC-PARA.TXT,PMC1_PRM.TXT и еще какой то с параметрами( не знаю как его залить)
\N522_С другого станка\fanuc_good_numb7_#522.zip там все бэкапы
\35i From/sram module\35i_data.zip файлы с флешки от 35i стойки