Ситуация такая:
Есть возможность заменять компоненты сборки прямо в сборке через контекстное меню - > заменить компонент.
Есть второй вариант при открытии сборки воспользоваться кнопкой Ссылки и в окне Изменение месторасположения зависимого файла указать новые компоненты вместо старых чтобы старые не грузить в сборку (подменить ссылки).
Так вот, если при втором варианте в сборке имеются виртуальные компоненты (я провода делаю виртуальными деталями), которые по идее не имеют ссылок вовне по определению, у них в графе В папке появляется надпись: <сохранить внутри сборки>
И тепе