Все, разобрался. Очень странно, но оказалось, что программа была внутри с именем О0000, и с флешки почему то читалась без проблем до 2мб, но при копировании в контейнер, начал ругаться. Попробовал изменить на О0001, все заработало, и начало копировать.
Но произошла одна странность. Копирование завершилось ошибкой, что то типо "нет доступа к памяти", если повториться, то точно напишу какая. Но при этом, программа вроде как скопировалась нормально, хотя показывает, что на 500кб меньше файл, чем на компьютере. Запустилась без проблем, думаю если бы не полностью копировалась, то фанук бы не з