Разрабам Мастеркама изначально работа с телом давалась со скрипом, с V9, как по каркаске корректно работала, так они обещали ее не трогать, но все-же чуток обновили и добавили возможностей пытаясь не накосячить, чего не скажешь про твердотелку.
А трансформ давно не обновляли, вероятно по этому по каркаске она корректней работает.
Однако думаю, что небольшие баги можно и простить. Ведь с среде Мастеркама стало на много удобней работать и изменять тела.
К примеру по каркаске в контуре указать Динамически точку начала траектории на много точнее можно, чем по твердотельному выбору.