Запускаешь редактор реестра, а лучше Registry Workshop (если есть), вбиваешь в строку поиска путь (тот что в рамочке) или "Material Database Folders"
и получаешь что-то типа [HKEY_CURRENT_USER\Software\SolidWorks\SOLIDWORKS 2016\ExtReferences] где в параметре "Material Database Folders"="пути к базам материалов".
Возможно, что в реестре существует два одинаковых параметра (судя по картинке), так вот один из них надо удалить, напрямую из настроек SW это сделать не получится.
Для начала, при выгруженном SW, делаешь экспорт (backup) всего раздела [HKEY_CURRENT_USER\Software\SolidWo