Разрешите не согласиться, из доступных на данный момент под рукой программ, подобные проблемы имеются так-же в Catia и Компасе. Т.е. удаляя родителя, автоматически удаляются связанные дочерние элементы. Увы. Хотя фишка с крестиками была бы удобной. Имхо.
Насчет "негибкости" SW тоже не согласен, выбор стратегии в руках пользователя, хочеш проектируешь сверху вниз, хочешь - знизу вверх, можешь использовать скелетный эскиз прямо в сборке, хочешь отдельной деталью.