По поводу цвета шрифта - не знаю (мне он не важен).
По поводу фона дерева построения. Считаю, что это важно (нужен одинаковый фон с полем модели).
NX 10 - цвет фона изменить нельзя (я не знаю).
SW 2016 - цвет фона изменить можно (ограниченно).
По поводу размера элементов дерева построения.
NX 10 - можно менять.
SW 2016 - сейчас не помню, кажется, да зависит от виндоуса (просто меня такой размер устраивает).