Признаться, настолько плотно с данным инструментом не работал. Да и Ваша деталь не похожа на ту, что разумно считать оболочечными моделями. Все-таки, в Вашем случае, толщина оболочечных элементов будет сопоставима с их протяженностью, а не будет отличаться в 5+ раз, как предписывает теория.
Сам инструмент производит впечатление капризного. Поэтому думаю, в Вашем случае 50:50. 50%- некорректно заданные условия для операции 50%- глюк програмы.
Из рекомендаций могу предложить предварительно разрезать 3D модель на функциональные подмодели (дно, стенки, ребра) операцией разделения твердых тел. А